2023年03月30日上映

身為黑衣組織一員的科學家宮野志保(代號雪莉),開發出了神秘的毒藥APTX4869。那就是讓工藤新一變小的藥!但是,黑衣組織殺了她的姊姊明美,因此雪莉決定背叛組織,自己也吞下了APTX4869。服藥後身體縮小的她,化名為灰原哀,隱藏起真實身分。雖然只有一點點,但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。 糟糕的是,她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面,面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」;在碰上巴士挾持事件的車上,感受到組織成員氣息,有著赴死決心的「神秘乘客」;以及故事的最高潮,在豪華列車內,被逼到驚險絕境的「漆黑的神秘列車」。在與苦艾酒以及波本直接對決中敗陣的灰原,按照組織所計劃的,被捲入貨車廂的爆炸中,被認為已喪命的她卻…… 以電視動畫漆黑的神秘列車為主軸,將灰原哀過去的故事,以全新畫面重新編輯而成的特別編輯版登場!